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Moléculas 3D

Tutorial 3D


Microbiología en 3D

Moléculas en Formato PDB y MOL

Microbiología! (outside) Molecular Insanity es un conjunto de moléculas en formato PDB (Protein Data Bank) y MOL (MDL Information Systems Inc.) que fueron construidas utilizando distintos programas disponibles en la Web. Esta sección tiene el propósito de ayudar a entender a los alumnos que los compuestos químicos tienen una estructura tridimensional, y que ésta varía en relación a los diversos sustituyentes que contiene la molécula. Y, en definitiva, esto implica una variación en la actividad biológica y farmacológica de la sustancia.

Las moléculas pueden ser visualizados con el software RasMol, mientras que el Swiss PDB Viewer (Geneva Medical Research Institute) sólo permite ver las del formato PDB. El RasMol es un programa que permite visualizar distintos tipos de moléculas (proteínas, ácidos nucleicos y compuestos simples) en 3D, permitiendo rotar la molécula y cambiar su aspecto. Es un programa potencialmente muy útil para ser utilizado en la enseñanza de la química y biología, como así también en presentaciones. El RasMol 2.7.X puede descargarse desde la página web del OpenRasMol. En esta página se puede encontrar otras versiones para diferentes plataformas (Mac, Unix, etc)

La configuración de las moléculas se obtuvo a partir The Index Merck 12th Edition (1996) y la conformación final de la mayoría de de éstas se obtuvo minimizando las interacciones de Van der Walls. Además, se ha adaptado la nomenclatura de los átomos que forman anillos en las moléculas de los archivos PDB en relación al nombre que figura en The Chemical Abstracts.

Los archivos para descargar se encuentran comprimidos en formato ZIP por lo tanto deben ser descomprimidos mediante el PKUNZIP o WINZIP para poder ser utilizados con el RasMol, RasTop, Swiss PDB Viewer. El WinZip puede obtenerse en la página web de WinZip.



Aminoácidos



Aminoglucósidos



Anfenicoles



Antifúngicos



Antivirales



Carbapenemes



Cefalosporinas



DNA y RNA



Hidratos de carbono



Macrólidos



Monobactamas



Pared bacteriana



Penicilinas



Polipeptídicos (Antimicrobianos)



Quinolonas

  • Ciprofloxacina
  • Nalidíxico
  • Norfloxacina
  • Ofloxacina
  • Oxolínico


Tetraciclinas